1. Если до окончания срока действия паспорта осталось меньше шести месяцев, то в выдаче визы скорее всего откажут. Да и сами представители туркомпании не должны подавать в этом случае на визу.
2. Если в паспорте есть отметки государства Израиль, то с получением визы проблем не будет (так как вы не высылаете те странички, где эти отметки стоят), а вот со въездом могут возникнуть сложности. Раз на раз не приходится - заметят или нет ...
Кстати, во время всемирного банковского форума в Дубае шейх Мактум заметил, что Эмираты не против туристов из Израиля, т.е. заметен очевидный прогресс. Но вот как это будет выглядеть на практике - не ясно ...